佛光山開山星雲大師一直念念不忘為新馬兩地找一個寬闊的地點來作弘法利生。因緣俱足下，1994年，承蒙已故聞人丹斯里郭鶴堯老居士的獻議，將國光二校旁的一片土地捐獻為佛光山建寺之用。

「新馬寺是馬來西亞及新加坡，以及新山首座佛光教育中心，也是新馬將來一起共用的佛光教育中心。」這是佛光山開山星雲大師慈悲命名「佛光山新馬寺」背後所蘊含的深意，期許馬新兩岸一同攜手推廣文化教育。

這座即將成為佛光山在東南亞最大的佛光教育中心，正門朝河，後院則是與國光二校操場相毗鄰。主體建筑由三棟各自代表著「戒、定、慧」的H字形建筑組成，是一棟四層樓高，有別於一般佛教傳統寺院的形象，以通風明亮、環保綠化的現代式綠色建筑格局，突出以「文化教育」為主導的「校園式寺院」。新馬寺著重於文化教育功能，所以建有15間教室、3間會議室、禪堂、喜慶堂、大覺堂演藝廳。

此外，新馬寺一樓還設有五個不同文化教育性質的展覽館，包括「三好兒童館」、「青年佛教故事館」、「佛光緣美術館」、「宗史館」及「展覽館」，將通過活潑的互動遊戲、圖片展示、藝術品、史料等不同媒介，為前來學習佛法及舉辦教育活動的人們，提供方便法門。

住持覺誠法師表示：「新馬寺著重生命教育，未來將舉辦各項課程及活動推動文化教育，接引各階層人士學佛向善，提昇素質涵養。規劃中的課程如培訓、佛學班、烹飪、音樂、舞蹈等，開放予學生、青年、婦女、上班族、退休人士等報名參加，讓大家自我提升。未來新馬寺也計劃與台灣佛光大學、南華大學、美國西來大學、澳洲南天大學等大專學府合作，開辦境外班、學分班、遠距教學等課程，並設有五校招生辦事處，讓大眾有進修大學課程的因緣。」